1.技術要求高，普遍推廣較困難
因作物不同品種和不同生長階段對養分的需求不同，導致營養液的配置與管理需要有接受過技術培訓的專業人員完成，不能廣泛地被一般的勞動者所掌握．營養液配置時所用的專用化肥，市場上不易買到，并且價格高昂，這也成為了無土栽培技術沒有被廣大勞動者掌握的原因之一。
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2.廢棄液存在污染環境的風險
無土栽培離不了營養液，與營養液配制相配套需一系列設備，如，測試系統、循環泵等，并且如果是開放式栽培技術，存在廢棄營養液硝酸鹽含量高，排放后易引起水體富營養化的危險；如果是封閉式栽培技術，營養液中大量有機質的存在易滋生病原菌，給作物帶來毀滅性破壞的風險。
3.系統設備投資成本高
各種應用營養液來灌溉作物的無土栽培系統，一般每667㎡地一次性投資至少6000元以上，有的甚至高達５～６萬元，即使較實用的有機生態型無土栽培系統，其一次性投資也達2000～3000元。為從長遠看，通過引進國外設備和技術進行本土化改良，研究和開發適合我國國情的無土栽培系統是發展的關鍵。
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每個新興技術在應用的過程或多或少都會存在這樣或那樣的問題，無土栽培技術就是一個非常鮮明的案例，但這項有利于可持續設施園藝發展的技術還是值得從業者去探索的，洞悉這項技術的每一個細節。