有機生態型無土栽培體系中水分管理是關鍵技術之一，其水分供應機制與營養液無土栽培系統不同，營養和水分的供給是分開進行的。
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1、不能同時提供水分和營養，水分除直接供應作物所需外，還是溶解固態肥料的溶劑，只有水分與養分良好協調，才能保證固態肥充分釋放出來被作物吸收，為作物的正常生育提供相對穩定的養分濃度。
2、水分的供應量還對根際的空氣、溫度、濕度、微生物活動等微環境造成重要的影響。目前水分的管理主要有兩個指標，一是根據基質的含水量，二是根據作物的需水量，通常情況下需要兩個指標綜合考慮進行灌水。
3、基質的含水量一般用相對含水量表示，作物生長前期基質適宜含水量為50～70%，作物生長中后期適宜含水量為70～80%，早春、晚秋和冬季基質適宜含水量要低于晚春、早秋和夏季。
4、基質含水量可以通過手捏的方式確定，一捏成團，含水量一般為50～70%，可根據成團基質的散團容易度進一步確定，難散的基質團比易散的基質團含水量高；一捏指縫浸水或滴水，含水量一般大于70%，出水越多，含水量越高。
5、根據作物的需水量是指對作物的灌水量，果菜、瓜果類作物生長前期適宜灌水量為50～200ml/天/株，生長中后期適宜灌水量為300～1500ml/天/株；葉菜類作物適宜灌水量為400～2000l/天/株。早春、晚秋和冬季灌水量要少于晚春、早秋和夏季，陰天、下雨天灌水量要少于晴天或停澆。