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無土栽培還有一個顯著優勢就是大大減輕了土傳病害。蔬菜病蟲害中,60%與土壤有關,解決了土傳病害,就明顯降低蔬菜病蟲害。
需要強調的是,無土栽培盡管能有效解決土傳病害,但無土栽培并非傳說那樣沒有病蟲害!仍然會面臨其它病蟲害。另外,營養液的大面積循環使用,也存在水傳病害的可能性。
基質培需要注意病蟲害通過基質傳播。盡管無土栽培的基質培基質含水量通常遠大于土培,可以抑制一些蟲害繁衍(比如遲眼蕈蚊即韭蛆),但仍不能杜絕所有病蟲害的傳播,所以,基質每茬需要消毒滅菌滅蟲。