無土栽培中病害與露地或普通設施栽培所發生的病害稍有不同。無土栽培中病害發生的特點：
一是由種子或種苗傳播病害。經種子傳播的病害有真菌病害、細菌性病害、病毒病害三類。在真菌病害中有許多蔬菜種子在成熟過程中被真菌侵入而染病，成為由種子傳播的病害;還有一些是在種子采收過程中，由于種子或種皮受到污染，就會把病菌傳入營養液里通過營養液的循環造成二次污染，如黃瓜、甜瓜的蔓枯病、炭疽病，番茄枯萎病等。細菌性病害中番茄的潰瘍病、瓜類的細菌角斑病均可由種子進入營養液中，污染栽培床引起發病。在病毒病害中，許多病毒可由種子傳播，如瓜類綠斑花葉病毒、甜瓜壞疽斑點病毒、番茄嵌紋病毒等，都可經過種子進入設施內。
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二是由空氣或設施內地表污染傳播病害。許多真菌或細菌病害常借氣流及土表的污染進入營養液而傳病，如甜瓜、黃瓜的白粉病、番茄白粉病都是孢子隨氣流漂入栽培床的。甜瓜蔓枯病、疫病病菌借設施的污染或塵土飄浮至植株表面而致病。此外，黃瓜綠斑嵌紋病毒也可經污染的土壤而傳病。
三是借水污染傳播病害。無土栽培中營養液的水源為地下水，病菌容易在水源輸送過程中進入營養液，如番茄青枯病及白菜類、甘藍類蔬菜軟腐病。
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四是工具傳播病害。如茄果類、瓜類的病毒病、細菌性病害，常通過整枝、打杈、綁蔓、采收過程中工具或手傳播。此外，能進入設施內的薊馬、粉虱、蚜蟲也可傳播各類病毒病。
五是使用污染的營養液或營養池也能傳病。如前作發生細菌軟腐病后，病菌會殘留下來，定植新的菜苗后，病菌即可危害新苗。