水耕的營養液配方一般主要使作物長得好長得快，但水耕配方中可能缺乏人體所需的物質，尤其在現在的科學知識有限之下，水耕栽培的產品無法像土壤中栽培的健全是可以推測的。
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1、生命科學在30多年來已大有進步，可是對人類的抗病、抗癌及健康與天然物質有關的知識尚嫌不足，只在有限的營養配方中生長的作物，將產生何種缺失，不是立即能估計的，這點值得討論與思考。
2、現在科學知識中已知硒（Se）是人類的微量元素，尤其最近更顯示癌癥、心臟疾病及其他疾病與體內的硒含量有關。過去并不知硒有何重要，因為在土壤栽培的食物一般都含有這個元素。
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3、硒就像其地重金屬一樣，大量攝取是有毒的，長期食用不健全的食物或偏食不健全的食物，都可能是問題的來源。水耕栽培作物可以大量直接吸收加入營養，這些營養是植物營養，不一定是人體的營養，我們需要有這種認知。
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4、吸收大量無機營養的作物，若未經轉化而累積，它的安全性需要列入考慮，尤其需要控制硝態氮或亞硝態氮，以及所用植物養分中所含之重金屬的問題，需要觀察及檢測，并加強產品品質。
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5、水耕栽培的基質或營養液需重視循環利用，減少對環境污染：水耕栽培的營養液或基質使用數次后，由于作物根部分泌物的大量釋放，不易種出優良的產品，于是需要棄置。不當的棄置也可能造成環境污染，尤其是大量使用過的營養液被棄置，應重視棄置的位置，及循環再利用的研究。