栽培基質的配制是有機生態型無土栽培的一個核心內容。進行有機生態型無土栽培，首先要配制適合多種作物生長的廣普性基質。栽培基質的原料分為兩大類，有機的和無機的。
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1、無機基質：無機基質材料較多，沙子、蛭石、珍珠巖、陶粒等都可以作為原料，除此以外，很多地方還有比較廉價豐富的如爐渣、煤矸石、風化煤等。成本不高，取材方便，理化性質符合要求都可以使用。材料的粒徑不應太大，一般應過2厘米的篩子，選留粒徑較小的。
2、有機基質：我國天然有機物非常豐富，每年僅各種農作物秸稈產量就有近5億噸，很多都被焚燒或扔掉，十分浪費，還帶來嚴重的空氣污染等問題。
3、有機生態型無土栽培技術著眼于天然有機物的變廢為寶和高效利用。采用菇渣、各種作物秸稈配制栽培基質，種植效果都非常好，作物產量高、味道好。采用豐富廉價的農產廢棄物配制基質，比起用草炭來，每畝地成本可降低1000多元，而且這些東西可以不斷再生，既便宜又環保。
4、有機基質的發酵 ：在用這些有機物配制栽培基質之前，需要進行一些處理，先用粉碎機粉碎，然后高溫堆放發酵降低碳氮比，發酵還有消毒殺菌的作用。
5、基質的混配：采用2～3種有機基質材料、1～2種無機基質材料進行混配，效果比單一的有機基質或無機基質要好得多。如果混合的基質較多，最好用機械混勻。